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지하수 용도별 허가·신고대상 구분에서 허가 대상 규모로 지하수를 개발·이용하고자 할 경우 시장·군수의 허가를 받아야 하며 허가 신청시에는 지하수영향조사기관이 실시하여 작성한 지하수영향조사서를 제출하여야 한다. 지하수 개발·이용 허가신청시 필요한 서류는 다음과 같다.

▷ 허가신청서
▷ 지하수개발·이용시설 위치를 표시한 지적도 또는 임야도
▷ 지하수개발·이용시설의 설치도
▷ 지하수영향조사서
▷ 기타 건설교통부령이 정하는 서류
     - 토지를 사용·수익할 수 있는 권리를 증명할 수 있는 서류
     - 원상복구계획서
     - 굴착공사비 산출내역서

지하수영향조사는 지하수의 개발·이용이 주변지역에 미치는 영향을 조사하여 주변지역의 지하수 고갈과 오염을 예측하여 이를 사전에 방지함으로써 지하수 보전과 합리적인 이용을 도모하기 위해서 실시하여야 하며 법 제7조제1항의 규정에 의한 지하수개발·이용의 허가를 신청하고자 하는 자는 지하수영향조사기관에 의뢰하여 영향조사를 실시하여야 한다.
지하수영향조사는 일반적으로 크게 기본현황조사, 세부조사 및 종합 분석 평가 단계로 구분되는데, 조사의 목적과 기존 가용 자료의 정도, 지형, 지질조건 등 대상지역의 여건에 따라 각 단계별로 적절한 조사항목을 선정, 조합하여 조사를 실시하며, 각 조사 및 분석은 서로 연관하여 수행한다.

▷ 기본현황조사
조사 지역에 관하여 기존에 조사된 제반 자료를 체계적으로 수집, 정리하여 지하수계의 현상 파악을 위한 기본 자료를 제공하며, 부족한 자료를 명확히 파악하여 세부조사 계획 수립에 이용한다.

> 기존자료 수집 분석	> 기상수문조사	> 용수시설 및 이용 실태 조사
> 정천현황 조사	> 수질 현황 및 잠재오염원 조사

▷ 세부조사
기본현황조사 결과를 토대로 조사지역의 미고결 퇴적층과 암반층의 지하수 및 오염물질의 분포와 유동상태에 대한 수리지질학적 특성을 규명하여 지하수자원의 적정개발량 및 규모, 오염된 지하수자원의 치유방법 등을 정립하기 위한 세부자료를 획득한다. 세부조사에서는 대상지역에 대한 기존 가용 자료의 정도, 조사에 따른 예산, 기간, 투입인력 등을 감안하여 간접적으로 수리지질학적 특성을 예측하는 조사 방법과 직접적으로 수리지질학적 특성 자료를 획득할 수 있는 조사방법을 적절히 조합하여 이용한다.

> 지표지질 조사	> 지하수위 조사	> 지하수질 조사
> 착정 조사	> 대수성 시험	> 지표수 유량조사
> 지리정보시스템의 이용